Q&A

  • Q:

    What is the threshold for gene expression? Why is this threshold set?

    Among the parameter transcriptomes, RPKM>1 is considered to be gene expression. This threshold is recommended by mainstream magazines and can also well reflect gene expression levels. 

  • Q:

    遺伝子発現の閾値はどれくらいだと思いますか?なぜこの閾値に設定されましたか?

    基準トランスクリプトームではFPKM>1が伝子発現と考えられます。この閾値は主流誌で推奨されており、遺伝子の発現レベルをよく反映します。
  • Q:

    Why do cluster analysis?

    Cluster analysis is used to judge the expression patterns of differential genes under different experimental conditions; By grouping genes with the same or similar expression patterns into clusters, the functions of unknown genes or unknown functions of known genes can be identified; Because these similar genes may have similar functions or participate in the same metabolic process or cellular pathway. 

  • Q:

    なぜクラスタリング分析を行いますか?

    クラスタリング分析は、様々な異なる試験条件での差異遺伝子の発現パターンを判定するために用い、発現パターンが同じまたは近い遺伝子をクラスにまとめることにより、未知遺伝子の機能または既知遺伝子の未知機能を認識し、斯かる同種の遺伝子は類似した機能を持っているか、あるいは同一代謝過程や細胞経路に共同で参与している可能性があるからです。
  • Q:

    How to carry out experimental verification after small RNA sequencing is completed?

    There are many methods to verify Small RNA in subsequent experiments: 

    1.  qPCR is used to verify the expression of miRNA; 

    2. For RNA with methylation modification enriched by RIP technology or RNA specifically binded to the target protein, the former shall be carried out the RIP-seq, and compared and analyzed with the genome in order to obtain position information specifically binding to the target protein on miRNA, etc.; 

    3. Dual-Luciferase reporter assay system  MiRNA mainly acts 3'UTR on the target gene, and the 3 'UTR region of the target gene can be constructed behind luciferase, the reporter gene, in the carrier. The inhibiting effect of miRNA on the target gene can be quantitatively reflected by the changes on expression of the reporter gene (monitoring the changes in luciferase activity), after comparing the overexpression or interference with miRNA, and, this is, we can judge whether miRNA binds to the target gene via the fluorescence value. 

  • Q:

    Small RNA配列決定が完了した後、如何にして試験検証を行いますか?

    Small Small RNAの後続の実験検証の方法はたくさんあります。

    1.qPCR:miRNAの発現を検証します

    2.qPCR:RIP技術の濃縮によりメチル化修飾付きRNAまたは目的タンパク質と特異的に結合したRNAを得、濃縮により得られたRNAに対してハイスループット配列決定を行い、ゲノムと比較分析を行い、miRNAにおける目的タンパク質と特異的に結合した位置の情報などを得ます。

    3.Dual-Luciferase報告システム

       miRNAは主に標的遺伝子に作用する3′UTRが作用することにより、目的遺伝子3′UTR領域をベクター中の報告遺伝子luciferaseの下流に構築し、過発現あるいは妨害miRNAを比較することにより、遺伝子発現の変化(ルシフェラーゼの活性変化のモニタリング)を報告し、目的遺伝子に対するmiRNAの抑制作用を定量的に反映し、したがって、miRNAが標的遺伝子と結合するかどうかは蛍光値で判断できます。

  • Q:

    How to store and transport whole blood samples

    Blood RNA stabilizer (DP440) can be used for storage of whole blood samples. Mixing ratio of whole blood: stabilizer=1:3, it can be stored for 3 months at -20℃. It can be stored for 3 ~ 5 days at normal temperature. Room temperature transportation can be selected. 

  • Q:

    全血サンプルの保存と輸送方法は?

    全血サンプルの保存は全血:安定剤=1: 3の比例混合で血液RNA安定剤(DP440)を採用し、-20℃下で3ヶ月保存できます。常温下で35日間保存できます。常温輸送もできますが、ドライアイス輸送をお勧めします。
  • Q:

    Why does lncRNA construct a strand-specific library

    Many genome regions have positive and negative strands of transcripts. Antisense transcription is a feature of eukaryotic genes and an important regulation mode. To more

    accurately obtain the structure of the gene and gene expression information, the use of ssRNA-Seq (Strand-Specific) can retain the directional information of RNA, and can determine whether the transcript comes from positive or negative strand. 

  • Q:

    long non-coding RNAはなぜ鎖特異性ライブラリーを構築しますか?

    多くのゲノム領域は正マイナス鎖の転写物を持ち、アンチセンス転写は真核遺伝子の一特徴であり、重要な制御方式です。ssRNA-Seq(Strand-Specific)の使用でRNAの方向性情報が保持され、遺伝子の構造と遺伝子発現情報がより精確に得られる為に、転写物がプラス鎖、マイナス鎖のどちらに由来したかを確定することができます。